Tüm diğer enerji kaynakları gibi nükleer enerinin de avantajları ve dezavantajları vardır.En önemli dezavantajı yerkürede yenilenemez miktarda bulunmasıdır.
Bir diğer dezavantajı ise nükleer santral atıklarının radyoaktif madde olması nedeniyle canlılar için çok tehlikeli olmasıdır. Bu atıkların içindeki bazı materyaller binlerce yıl radyoaktif özelliklerini devam ettirebilmektedir.Bunun için radyoaktif atığın sızmayacak şekilde seramik madde içine kapatılması, bunların yine çok muhafızalı kaplar içinde toprağın derinlerinde gömülmesi gerekir. Bu atıkların gömüleceği yerler yeraltı sularını kirletmeyecek, deprem ve diğer doğal afetler sırasında açığa çıkmayacak şekilde güvenli bölgelerde seçilmelidir.